Poutní kostel nechal postavit opat Vejmluva po nálezu zachovalých ostatků Jana Nepomuckého ve Svatovítské katedrále roku 1719. Prací byl pověřen známý architekt Jan Blažej Santini-Aichel, jenž si velice porozuměl s opatem v představě, co se od něj očekává. Oba muži byli zběhlí v symbolice, a tak vyrostla na svou dobu velmi neobvyklá stavba ve tvaru pěticípé hvězdy. Areál kostela na Zelené hoře je zařazen na seznam kulturních památek UNESCO.